Marju Lepajõe sündis 28. oktoobril 1962. aastal. Ta lõpetas Tartu ülikooli filoloogiateaduskonna eesti filoloogia erialal 1985. aastal (diplomitöö "Johannes Gutslaffi "Observationes grammaticae circa linguam Esthonicam" tõlge", juhendaja Huno Rätsep).

Aastail 1988–1991 oli ta statsionaarses aspirantuuris klassikalise filoloogia erialal Leningradi Riikliku Ülikooli klassikalise filoloogia õppetooli juures.

1996. aastal kaitses ta klassikalise filoloogia magistrikraadi Tartu ülikoolis tööga "Fiktiivne element Dares Phrygiuse Trooja-kroonikas ja selle sidemed kaasaja historiograafiaga".

19. märtsil 2018 kaitses Marju Lepajõe doktoriväitekirja "Pastorid ja kirjakultuur: kristliku humanismi variatsioonidest Eesti- ja Liivimaal XVII sajandi esimesel poolel" ning sai filosoofiadoktori kraadi teoloogia alal. Tema juhendaja oli Anne Kull (Tartu ülikool), oponent Kristiina Savin (Uppsala ülikool).

1985–1988 töötas Lepajõe vanemraamatukoguhoidjana Tartu ülikooli raamatukogu käsikirjade ja haruldaste raamatute osakonnas. 1992–1993 oli ta assistent Tartu ülikooli klassikalise filoloogia õppetooli juures ning 1993–1998 ladina ja kreeka keele lektor Tartu ülikooli usuteaduskonnas. Alates 1998. aastast oli ta Tartu ülikooli usuteaduskonna kirikuloo teadur, seejuures 1998–2001 ajaloolise usuteaduse ja ladina keele õppetooli hoidja.

Marju Lepajõe oli külalisuurija mitme välisülikooli juures (Fribourg, Göttingen, Freiburg, Oslo, London). Ta koostas "Kreeka-eesti Uue Testamendi õppesõnastiku".

Marju Lepajõe pälvis Kultuurkapitali kirjanduse sihtkapitali artikliauhinna (2010), Valgetähe V klassi teenetemärgi (2015) ja Enn Soosaare eetilise esseistika auhinna (2018).

Urmas Viilma, EELK peapiiskop:

""Oh Jumal, uuri mind ja tunne ära mu süda! Vaata, kas ma olen valuteel ja juhata mind igavesele teele!" (Ps 139:23-24)

Tänahommikune uudis Marju Lepajõe surmast on suur kaotus mitte ainult kirikurahvale, vaid kogu eesti kultuurirahvale, eriti humanitaarteadlaste kogukonnale. Kui kõneldakse asendamatutest inimestest, siis Marju Lepajõe kaotus on selle ütluse kinnituseks. Seda lünka kellelgi täita on ülimalt raske ning selleks kulub tõenäoliselt mitu aastakümmet. 

Lisaks suurele teadmistepagasile, millest tal oli alati midagi ammutada, lummas Marju Lepajõe kõiki oma õpilasi, kolleege, kuulajaid suurepärase ja terase sõnaseadmisoskusega. Sellest kõlas vastu iidsete klassikaliste mõttekäikude ajatu värskus.

Marju Lepajõe vahendusel said varakeskaegsed kirikuisad ja antiikfilosoofid kaasaegseteks mõjuisikuteks ja arvamusliidriteks. Tema ise oli võrdsena nende seas. Elegantse nõtkusega suutis ta läbi ajalooprisma anda tabavaid ja teraseid hinnanguid kõigele sellele, mis meie ümber toimub ka täna.

Ta oli humanitaarteaduste eestkõnelejate esirinnas ja valutas sündant selle pärast, et reaalia kipub tänapäevases materialistlikus ja sekularistlikus ühsikonnas paratamatult võimutsema humanitaaria üle. Tema sõnad sel teemal kõlasid peaaegu prohveteeringuna.

Bene qui latuit, bene vixit!"

Toomas Jürgenstein, õpetaja ja poliitik:

"Ma arvan, et eile lahkunud Marju Lepajõe valdas perfektselt nii suulist kui kirjalikku sõna, võib-olla kõige paremini kogu Eestis. Nutt ja naer, peen iroonia ja detailide märkamine, asjatutest üldistustet hoidumine, kuid tendentside märkamine, paralleelide leidmine teiste ajastute ja kultuuridega on vaid mõned märksõnad tema ettekannete ja kirjatööde kohta. Jagan Marjule mõeldes ühte tema vähem tuntud tsitaati, mis piduse nädalalõpuga haakub: 

"Kui täpne olla, siis eestlastes avaldub näiteks põhiliselt kaks arhetüüpset mentaliteeti, mis igal hetkel võivad välja lüüa. Inimesed jagunevad selgesti kaheks: ühed on koorilauljad, teised rahvatantsijad. Lauljad kannavad endas melanhoolse mentaliteedi alget, neis on sissepoole pööratud tugevat meditatiivsust, rahvatantsijad evivad füüsilist täiust, nietzschelikku elujaatavat hoiakut. Tantsijad ei saa aru, mida lauljad tegelikult tahavad, ja vastupidi. Aga pidu hõlmab kõiki.""

Maia Tammjärv, Müürilehe kirjandus- ja uudistetoimetaja:

"Marju Lepajõe oli imeline inimene. "Imeline" oli ka üks omadussõnu, mida ta tihedasti kasutas, teine niisugune oli näiteks "võrratu", miks mitte ka "jumalik". Mulle näib, et maailma nägigi ta imelise ja võrratu ja jumalikuna, see ülevus ja lennukus oli ta keeles, aga nõnda ka meeles.

Marju Lepajõe oli erakordselt suur inimene. Ühelt poolt oli see muidugi talle omase kordumatu vaimunõtkuse tõttu, aga erakordsete teadmistega inimesi oleme ju kohanud varemgi.

Marju suutis enda ümber olijaid – tudengeid, kolleege, sõpru, tuttavaid, taksojuhte, kõiki – inspireerida mitte ainult seetõttu, mida ta teadis ja mida ta rääkida oskas, vaid enamgi veel ehk seepärast, kes ta oli inimesena. Ma tean, et temast saab üks neid legendaarseid õppejõudusid, kellest järgmised tudengid veel aastakümneid kuulevad. Sest sellist valgust kohtab väga väga harva.

Marju uskus haridusse (kuulake veelkord tema ööülikooli loengut "Miks on haridus püha", vaadake tema vestlust Joonas Hellermaga saates "Plekktrumm", lugege tema üleskutset iga inimese sisemise stiili otsimiseks Müürilehes), ta seisis humanitaarhariduse eest, selle eest, et akadeemias peaks meil olema aega mõelda, mitte ainult teadmisi korjata.

Marjus oli midagi võrratult, aga väga harvaesinevalt aristokraatlikku. Kunagi on ta ise öelnud Linda Alliksaare kohta kaunid sõnad: "Tema isiksuse fluidum oli niivõrd kütkestav [—] terve tuba oli vaimu täis, kirgas, elektriseeritud. Linda Alliksaar oli samasugune vaimne aristokraat, nagu võib lugeda mälestustest Arturi kohta."

Kõik need sõnad kehtivad ka Marju enda kohta. Tema aristokraatlikkus väljendus ühelt poolt tema ilmteesklematus taktitundes, aga ka tema põhjalikkuses, peenes ja võltsimatus viisakuses, selles kui tõsiselt ta võttis suhtlemist teiste inimestega, kuidas ta austas tõesti kõiki inimesi.

Pärast koosviibimisi kirjutas Marju näiteks imeliselt komponeeritud ja lõpmatult elegantseid e-kirju, kus ta tänas põhjalikult kõiki koosviibinuid, täpsustas veel vähemalt üht arutluse all olnud küsimust (mis võisid, aga ei pruukinud olla filoloogilised) ja väljendas alati kaunisõnaliselt lootust järgmisteks kohtumisteks. Iga inimene nii ei viitsi, aga Marju viitsis.

See kõik ei tähenda, et Marju ei oleks tundnud irooniat või sarkasmigi. Marju huumorimeel oli üleüldse legendaarne, ärgitas kooslooma, vohas ja voogas, aga see oli alati tegelikult positiivne.

Ka siis kui oleks olnud põhjust halvasti öelda, oli Marju huumor nii peen ja delikaatne, et mitte iialgi ei mõjunud kurja või ka kurvana. Selline vohav ja positiivne huumor liigutab mägesid, ennetab sõdu ja lahendab diplomaatilisi kriise. Või vähemasti peaks seda tegema. Ja seda peaks olema palju rohkem.

Mul oli au Marjut tunda liiga vähe aega, aga ma aiman, et niisugusi inimesi kohtame oma elus väga harva. Tema särisevast vaimust jääb kohutavalt suur tühimik Tartu tänavanurkadele, ülikooli peahoonesse, kultuuriüritustele, salongidesse, humanitaarharidusse, kogu akadeemiasse…" (Müürileht)