Ester Mägi lõpetas 1951. aastal professor Mart Saare õpilasena Tallinna riikliku konservatooriumi. Aastail 1951–1954 täiendas ta end Moskva konservatooriumi aspirantuuris, 1954–1984 oli Mägi Tallinna riikliku konservatooriumi muusikateoreetiliste ainete õppejõud, 1977. aastast alates dotsent. 1999. aastal valiti ta Eesti muusikaakadeemia audoktoriks.

Ester Mägi teosed on kõlanud Soomes, Rootsis, Saksamaal, Poolas, Venemaal, USAs ja Austraalias. Tema orkestriteosed on kõlanud Neeme Järvi, Eri Klasi, Peeter Lilje, Paul Mägi, Roman Matsovi, Nikolai Aleksejevi ja Emin Hatšaturjani juhatusel. Tema muusika salvestusi on välja andnud Melodija, Eesti Raadio, Raven Recordings, Finlandia Records, Alba Records, Antes Edition, MSR Classics jt. Ilmunud on neli autoriplaati: "Ester Mägi. Bukoolika" (Melodija, 1988), "Ester Mägi. Ein musikalisches Porträt" (Antes Edition, 1998) "Ester Mägi. Laulupuu" (Alba Records, 2005) "Ester Mägi. Orchestral Music" (Toccata Classics, 2007).

Ester Mägi on pälvinud loomingulise tegevuse eest Nõukogude Eesti preemia (1980), Eesti NSV muusika-aastapreemia (1985), Eesti Vabariigi kultuuripreemia (1996), Eesti Rahvuskultuuri Fondi elutöö preemia (1999), Eesti muusika aastapreemia (1991), Eesti Kultuurkapitali aastapreemia (2001) ja Eesti Muusikanõukogu aastapreemia (2008). Talle on omistatud ENSV teenelise kunstitegelase (1971) ja ENSV rahvakunstniku (1984) tiitlid. Teda on autasustatud Riigivapi V klassi teenetemärgiga (1998) ja Eesti Vabariigi kultuuripreemiaga pikaajalise väljapaistva loomingulise tegevuse eest (2014).